📄 システム生物学
Signal Associa: hot tumors elicit field-spanning NK cell coordination linked to their recruitment
本論文は、自動化された定常化とサロゲートテストを通じて真の細胞結合レジームを特定するオープンソースフレームワークであるSignal Associaを紹介し、熱い大腸腫瘍が細胞動員を強化する、グローバルに統合された場にわたるNK細胞ネットワークを誘発することを明らかにしている。
📄 Category
systems biology
163 件の論文
システム生物学は、個々の遺伝子やタンパク質をバラバラに調べるのではなく、生命全体を一つの複雑なネットワークとして捉える学問です。まるでオーケストラの調和を理解するためには、一人ひとりの楽器の音だけでなく、全体が奏でる旋律に耳を澄ませるようなもので、この分野では生体内のあらゆる要素がどう相互作用し、命という現象を生み出しているのかを探求しています。
Gist.Science では、この分野の最先端の知見を bioRxiv から毎日収集し、専門家の手による詳細な解説と、誰でも読める平易な要約の両方を提供しています。最新の研究動向を素早く把握できるよう、私たちは bioRxiv に投稿されたすべての新プレプリントを処理し、その内容をわかりやすく整理してお届けします。
以下に、システム生物学の最新研究から厳選された論文リストをご紹介します。
📄 システム生物学
The Sensitivity of 13C-Metabolic Flux Analysis to Biomass Composition Underscores the Need for Accurate Biomass Formulation in Escherichia coli
本研究は、大腸菌における代謝フラックス解析が、バイオマス組成の微細な変化、特にタンパク質とRNAの比率に対して非常に敏感であることを示しており、それゆえに、信頼性の高いフラックス定量には正確なバイオマス組成の策定が極めて重要であることを強調している。
📄 システム生物学
Localis-REX: a general protocol for time-resolved spatiofunctional profiling in live cells and C. elegans
Localis-REXは、光で誘発される局所的なREMパルスを用いて、最小限の摂動条件下で特定の標的を捕捉し、プロテオミクス・マッピングや機能的読み出しを行うことにより、生細胞および*C. elegans*における先天的な反応性親電子質代謝物（REM）応答性タンパク質の時分解・空間機能的プロファイリングを可能にする、アクセシブルで汎用的なプロトコルである。
📄 システム生物学
SMAD3-driven cell state transitions underpin immunoresistance in bladder cancer
本研究は、TGFβ/SMAD3シグナル伝達が膀胱癌における免疫抵抗性の主要な駆動因子であることを特定し、SMAD3を阻害することでオートファジーを抑制し細胞死経路を活性化させ、腫瘍細胞をT細胞介在性の細胞傷害に対して感受性を高めることを実証している。
📄 システム生物学
Genetic Perturbation Prediction Models Fail Out-of-Distribution: A Rigorous Benchmark and Systematic Evaluation
本論文は、層化された分布外分割を用いた厳格なベンチマークフレームワークであるEL-PERTURBを導入し、現在の遺伝子摂動予測モデルが訓練データを超えて汎化することに失敗していること、およびアーキテクチャの複雑さが単純なベースラインに対して優位性をもたらさないことを示している。
📄 システム生物学
Homeostatic feedback model of energy metabolism with adaptive enzyme levels exhibits problem solving behavior
本論文は、哺乳類のエネルギー代謝の粗視化動的モデルを提示し、恒常性フィードバック構造が適応的な酵素調節およびエネルギーコストと結合した際、反復的な摂動からの回復を改善する経験依存的な代謝可塑性を可能にし、効果的に問題解決行動を提示し得ることを示している。
📄 システム生物学
Common cis-eQTLs do not explain chromosome 21 expression deviations from the ploidy expectation in Down syndrome
本研究は、一般的なシス調節変異がダウン症の個体間における遺伝子発現の差異に寄与している一方で、特定の第21染色体遺伝子が、正常な二倍体対照群と比較して予想される1.5倍の用量増加から逸脱する理由を、それらの変異は説明できないことを示している。
📄 システム生物学
Decision-relevant measurement for precision microbiome interventions
本研究は、糞便検体から腸内細菌叢の組成を正確に再構成することが、精密な介入に資する意思決定に関連する情報の保持を保証するものではないことを示しており、測定戦略は単なる組成の正確さに依存するのではなく、組成の幾何学的構造、生物学的表現、および特定のダウンストリームの意思決定タスクを明示的に考慮しなければならないと論じている。
📄 システム生物学
A tissue time machine to forward-predict single-timepoint data applied to tuberculosis granulomas
本論文は、5万件を超えるシミュレーションからなる仮想ライブラリを用いて、単一時点の組織データセットに対するデジタルパートナーを特定する「組織タイムマシン」アプローチを紹介し、非ヒト霊長類における結核菌肉芽腫の長期的な転帰を予測することに成功した。
📄 システム生物学
Cell cycle exit is required for differentiation and cell fate diversification but not neoblast specialisation in planarians
本研究は、プラナリアにおいて、系統へのコミットメントは活発に細胞周期を回しているネオブラスト（新芽細胞）の中で開始される一方で、終末分化および細胞運命の多様化にはCDH1を介した細胞周期からの脱出が厳密に必要であることを示している。